[McSim]

Фирма желает приобрести новую квартиру в строящемся доме как инвестицию. 
 Имеет ли она право зачесть КМ с этого приобретения? 
Имеет ли она право сдавать эту квартиру  частному несвязанному лицу?
Если имеет, то  счет выставляем без КМ?
Если счет без КМ, надо ли пересчитывать включенный КМ в связи с появлением необлагаемого оборота?

Повторю то, что написал на ФБ:

НСО при первой продаже застройщик выделяет, чтобы отдать государству. В счёте покупателю за жилую недвижимость НСО даже при первой продаже может и не быть вовсе - так что и зачитывать будет нечего, если вы не маклеры по сделке первичной продажи.
Если помещение жилое, то оно по умолчанию не облагается НСО, и аренда тоже . Что делать с зачётом? Если инвестиция, то наверняка можно выделить в отдельную деятельность и фиксировать расходы именно на неё, не прибегая к пропорции.
Опыта реального в таких сделках у меня нет, выше описал своё понимание логики закона.

Не знаю, насколько легально лежит, но Гугл показывает в доступе pdf от Kardisa - "Квартирный вопрос в налоговом пространстве". Там отдельные главы про НСО в сделках с недвижимостью.